O bioma se destaca pela forte presença de comunidades tradicionais, como os povos indígenas e quilombolas, que no decorrer dos anos ajudaram a difundir a cultura pantaneira. Pequeno em extensão e tendo apenas 4,4% de seu território protegido legalmente com unidades de conservação, o Pantanal também tem sofrido com as ações antrópicas, sobretudo com a as atividades de agropecuária. Além da inadequada ocupação irregular do solo, o extrativismo, a caça e a pesca predatória são encorajados pelo contrabando de peles e espécies raras. A fronteira com outros países sul-americanos aumenta os riscos no ecossistema.