O objetivo principal do Projeto Manatí é diminuir as ameaças e impactos sobre o peixe-boi marinho e o boto-cinza, espécies ameaçadas de extinção no Brasil, através de ações de manejo, pesquisa, educação ambiental e de políticas públicas nos estados do Piauí e Ceará. O Ceará possui o triste título de recordista de encalhes de peixe-boi marinho no país e o boto-cinza é o mamífero marinho que mais encalha na região.